Z porównaniem wewnętrznym podatnicy będą mieć do czynienia w sytuacji, gdy transakcja podlegająca obowiązkowi sporządzenia analizy porównawczej będzie równocześnie realizowana z podmiotami niepowiązanymi. W porównaniu wewnętrznym badaniu zostanie poddane wynagrodzenie stosowane w transakcji z podmiotem powiązanym, które zostanie porównane z wynagrodzeniem stosowanym z podmiotami niepowiązanymi.